Добрый день, $2500 и 1 неделя разработки.
Это типовое решение с базовым набором модулей. Такой как екзист или автоклад стоит на порядок дороже, но вам наверняка такой магазин не нужен. Даже если нужен огромный объем работы - начинать все-равно нужно с фундамента и минимального набора модулей.

Цена сформирована из объема человекочасов опытных специалистов, необходимых для успешного завершения проекта. Если другая компания имеет в штате менее квалифицированных и соответственно дешевле специалистов - ценник выйдет дешевле, как и шанс получить качественный продукт в оговоренные сроки становится меньше. Самый худший вариант: выбрать подрядчика фрилансера, у которого подобный проект будет первым.

Нет, сумма счета не меняется в зависимости от метода оплаты.

Часы утверждаются с заказчиком до старта проекта. Также есть уже множество модулей со своей оценкой по времени, где можно оценить сложность и стоимость аналогичных работ. Чаще всего данный вопрос отпадает после нескольких месяцев работы.

Да, для новых заказчиков предоплата по созданию сайтов составляет 50% от общей стоимости работ по ТЗ. Оставшиеся 50% - после сдачи проекта и исправления всех найденных багов и недоработок. Можете внести 100% предоплату, тогда смету посчитаем с дополнительной скидкой 5%.

Для постоянных заказчиков - оплата производится после сдачи заданий раз в месяц по факту выполненных работ.

Да. Постоянным клиентам и для больших (более полугода) проектов. Обращайтесь - обсудим.
При 100%-й предоплате предоставляется дополнительная скидка 5% на программную часть проекта.